Nel corso degli anni furono tantissimi i tentativi di limitare i danni del dipinto. Nei primi del Novecento Il pittore Luigi Cavenaghi rincollò le particelle che si andavano staccando dal muro. In seguito con la seconda guerra mondiale "L'Ultima Cena" subì danni ancora maggiori.

Nel 1977 prese il via il progetto di restauro più impegnativo e delicato della storia, un'operazione che durerà più di un ventennio.

Grazie a scienziati, critici d'arte e restauratori di tutto il mondo, si è potuta riscoprire l'originalità del dipinto che era stata manomessa dai tanti ritocchi non conformi alle caratteristiche peculiari di Leonardo da Vinci. Si è scoperto ad esempio il buco di un chiodo piantato nella testa del Cristo usato dall'artista per tracciare la prospettiva della scena,si sono inoltre riscoperti i piedi degli apostoli sotto il tavolo e il viso di Giovanni.