Il Cenacolo Vinciano e "Ultima Cena" è il più grande capolavoro di Leonardo da Vinci e fu commissionata dal duca di Milano Ludovico il Moro nel 1494. Il Duca scelse la chiesa di Santa Maria delle Grazie come luogo di sepoltura per la sua famiglia, non a caso, vi venne sepolta anche la moglie Beatrice d' Este.

Decise inoltre di apportare dei cambiamenti sia al chiostro grande che all'abside, abbellendo il refettorio con il magnifico affresco vinciano.

Nel 1943, durante la Seconda Guerra Mondiale, la chiesa fu bombardata ed il refettorio fu parzialmente distrutto; rimasero illesi solo alcuni muri tra cui quello del Cenacolo grazie a una seria di sacchi di sabbia che rinforzarono il muro.